13 Coxin MSM-mallin kokoaminen

Nyt kun painotukset on vihdoin viimein saatu laskettua, ne saadaan otettua Coxin MSM-malliin (marginal structural models) mukaan. Käytetään coxph-funktiota paketista survival, ja painotukset määritetään funktion argumenteissa.

Truncated stabilized weights:

fit.stab.w <- coxph(Surv(tstart, tstop, event) ~ age + arm + cluster(id),
                    data = toy.rep, weights = toy.rep$weights.trunc)

Mallin tulos saadaan laajemmin esiin komennolla summary:

summary(fit.stab.w)

## Call:
## coxph(formula = Surv(tstart, tstop, event) ~ age + arm, data = toy.rep, 
##     weights = toy.rep$weights.trunc, cluster = id)
## 
##   n= 30546, number of events= 193 
## 
##           coef exp(coef)  se(coef) robust se      z Pr(>|z|)    
## age   0.009342  1.009385  0.007677  0.008020  1.165    0.244    
## armB -0.619033  0.538465  0.151447  0.149963 -4.128 3.66e-05 ***
## ---
## Signif. codes:  0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1 ' ' 1
## 
##      exp(coef) exp(-coef) lower .95 upper .95
## age     1.0094     0.9907    0.9936    1.0254
## armB    0.5385     1.8571    0.4013    0.7224
## 
## Concordance= 0.584  (se = 0.024 )
## Likelihood ratio test= 19.29  on 2 df,   p=6e-05
## Wald test            = 18.36  on 2 df,   p=1e-04
## Score (logrank) test = 19.05  on 2 df,   p=7e-05,   Robust = 19.06  p=7e-05
## 
##   (Note: the likelihood ratio and score tests assume independence of
##      observations within a cluster, the Wald and robust score tests do not).