15 Survival-käyrä: arm A ja B

Erityistä pohdintaa aiheutti tässä otsikossa esitetty kysymys. Ryhmien erottamiseksi toisistaan omiksi survival-käyrikseen täytyy käsitykseni mukaan tehdä “apu-dataframe”, johon kuvaillaan millintarkasti, mitä muuttujia tahdotaan plotata. Jos ja kun erotellaan ryhmät erikseen, pitää niiden levelien olla millintarkasti plotattavaa datasettiä vastaavat, ja kyseinen apumuuttuja täytyy muuttaa factor-muotoon. Jos joukossa on muita kovariaatteja, niiden meania käytetään survival-käyrän mallissa:

# Apudatasetin luominen 
apudf <- with(toydata,
              data.frame(arm = c("A", "B"), 
                         age = rep(mean(age, na.rm = TRUE), 2)))

apudf$arm <- as.factor(apudf$arm) 

apudf

##   arm    age
## 1   A 35.015
## 2   B 35.015

fit2 <- survfit(fit.stab.w, newdata = apudf)

ggsurvplot(fit2,
           data=toydata,
           conf.int = TRUE,
           legend.labs=c("Arm = A", "Arm = B"),
           ggtheme = theme_minimal())